Szpital powstał w II połowie XIX wieku jako drugie sanatorium w Polsce. Obiekt stanowił upominek dla księcia Wilhelma i przyjmował na hospitalizację nerwowo chorych (obecne Miłowody). W 1903 r. wybudowano pawilony po drugiej stronie rzeki Wełny, gdzie zorganizowano sanatorium dla chorych na gruźlicę oraz jeden pawilon z przeznaczeniem na Dom Starców. Do czasu odzyskania niepodległości w 1918 r. administracja lecznicy pozostawała w rękach niemieckiego krajowego Urzędu Ubezpieczeń. Po przejęciu zakładu przez władze polskie obiekt został przekazany pod administrację Ubezpieczalni Krajowej w Poznaniu. Zlikwidowano Dom Starców, włączając budynek w skład pawilonów, a nowa nazwa ośrodka brzmiała: „Lecznica dla płucno-chorych pod Obornikami”. Po przejęciu przez Zakład Ubezpieczeń Społecznych w Warszawie zmienił nazwę na: „Sanatorium Przeciwgruźlicze w Kowanówku”.
W okresie międzywojennym sanatorium należało do najlepiej wyposażonych nie tylko w Polsce, ale również w Europie. Po II Wojnie Światowej dobudowano pawilon torakochirurgii i od roku 1974 r. Leczeniem zostali objęci pacjenci ze schorzeniami układu krążenia. W 1979 r. przy Szpitalu powstała pracownia Hemodynamiki. Sanatorium przemianowano na "Ośrodek Kardio- Pulmonologiczny", a w roku 1994 na "Szpital Rehabilitacyjno-Kardiologiczny". W lipcu 2006 r. Szpital włączył w swoje struktury Szpital Miłowody i poszerzył swoją działalność o rehabilitację narządu ruchu. Obecnie Szpital Rehabiltiacyjno-Kardiologiczny w Kowanówku jest Filią nr 2 Szpitala Wojewódzkiego w Poznaniu.
Dziś Szpital szczyci się osiągnięciami medycyny szczególnie z zakresu kardiologii i rehabilitacji. Dysponujemy nowoczesnym sprzętem diagnostycznym i wysokokwalifikowaną kadrą medyczną.
